中世の時代に天台・真言宗から転派した寺院が多い中で、当初より浄土真宗のお寺として開基され、芸備地方において浄土真宗伝播の中心となったお寺である。

　石丸山高林坊は、明応5年（1496）福間浄誓（1473－1554）によって開基された。開祖浄誓は清和天皇より九代の後裔、新田大炊助義重七代の孫で、代々紀伊国福間の城主であったが、浄誓は戦国の世に無情を感じ武士を捨て出家し、本願寺8代蓮如上人の弟子となり、帰国後の明応５（1496）年に甲立の五龍城下（宍戸氏）に一宇を建立した。

　戦国時代・毛利元就(1497～1571)の勢力拡大と共に、真宗の教線も広がり吉田・郡山城でも法を説いたと伝えられている。元亀元年(1590）から天正8年(1580）10年間に亘った石山合戦では、毛利氏と共に織田信長と戦い、本願寺11代顕如上人から水晶の二連珠他法宝物を賜った。

　慶長５年（1600）関ヶ原の戦いの後、徳川家康により毛利氏は広島から山口・萩に移封された。高林坊４代西願の三男・空念は毛利氏と共に萩に行き、輝元から寺領を受け、一族と門徒の寺として萩に泉福寺を建立した。幕末に活躍する長州藩士・吉田松陰の先祖は安芸から萩に移住した、泉福寺門徒であったと伝えられている。

　毛利氏・宍戸氏が山口に移住後、慶長の後半、西願の代に現在の地（高田原）に移転した。

本堂他境内の諸堂建物は、現在、安芸高田市の重要文化財に指定されている。